Британские ученые говорят, что следующий опасный штамм коронавируса уже существует
COVID - 201903 февраля 2021

Британские ученые говорят, что следующий опасный штамм коронавируса уже существует

Почти через месяц после третьей общенациональной блокировки большая часть Англии, похоже, находится в спячке: магазины закрыты, центральные улицы пустынны, а поезда почти пустуют. Но в одной маленькой деревушке в сельской местности недалеко от Кембриджа, на востоке Англии, есть улей активности.

Сотрудники, одетые в белые лабораторные халаты и хирургические маски, снуют от машины к машине - роботы и гигантские компьютеры, которые настолько тяжелы, что их помещают на твердые стальные пластины, чтобы выдерживать их вес.

Сотрудники Института Сэнгера - это гораздо больше, чем просто важные сотрудники - прямо сейчас они выполняют одну из самых важных работ на Земле: генетически секвенируют коронавирус. Внутри он называется «Проект Херон».

Трудоемкий проект, в котором участвуют сотни людей, осуществляется недалеко от кембриджского паба, в который Фрэнсис Крик зашел в 1953 году, чтобы заявить, что он «открыл секрет жизни» - структуру ДНК. Сегодня это открытие позволяет ученым обнаруживать опасные мутации в генетическом коде коронавируса, которые могут сделать пандемию намного хуже, чем она есть.

Секвенирование в промышленном масштабе

Каждый день в Институт Сангера прибывают фургоны с ящиками, полными образцов вирусов со всей Великобритании. Зеленые ящики загружаются в морозильную камеру промышленного размера, установленную на стоянке.

Внутри лаборатории робот запрограммирован так, чтобы брать только положительные образцы с небольшой пластиковой тарелки, похожей на форму для маффинов, и собирать их на отдельном лотке, который запечатывается вручную. Сотни образцов собираются в одном флаконе. В другой лаборатории добавляют химикаты и встряхивают их на небольшой машине, а затем тонко зажимают между двумя кусочками стекла. Стеклянная пластина помещается в один из гигантских секвенсоров, громко гудящую машину, похожую на высокотехнологичный копировальный аппарат.

Пятнадцать часов спустя компьютер выдает столько генетических данных, что целые серверные фермы были построены за пределами площадки для его размещения. От начала до конца процесс занимает около пяти дней. Только в этой лаборатории еженедельно секвенируется около 10 000 образцов - примерно четверть от общего числа секвенированных в мире.

Затем следует самая сложная часть: перебор всех этих данных.

В поисках британского варианта

Менее двух месяцев назад эта сеть ученых и растущее количество британских генетических данных помогли выявить и отследить распространение варианта, который теперь стал доминирующим в Великобритании. Впервые он был обнаружен в Кенте, сельском графстве, в котором также есть одни из самых неблагополучных общин на юго-востоке Англии.

«Не все люди в Кенте устраивали домашние вечеринки и ходили в один и тот же супермаркет», - сказал CNN официальный представитель Министерства здравоохранения Англии Руэрид Вильяр. Его коллеги-ученые быстро исключили плохое поведение.

Тем не менее, ежедневное количество случаев заболевания продолжало расти в округе, даже несмотря на то, что оно падало в большинстве других частей Великобритании, которые находились под национальной изоляцией.

Они нашли виновника в геномной базе данных Великобритании, которая в то время охватывала примерно один из каждых 10 положительных образцов Covid-19 в стране.

Мошеннический штамм вируса, названный B.1.1.7, циркулировал в графстве Кент как минимум с сентября. По словам главного научного консультанта Британии Патрика Валланса, он распространяется на 30-70% легче исходного вируса.

Вскоре B.1.1.7 был обнаружен в столице и по всей стране. Сейчас он замечен как минимум в 70 странах и в большинстве штатов США. CDC заявляет, что к марту он может стать доминирующим штаммом коронавируса в США.

Профессор Кембриджского университета Рави Гупта сказал, что, судя по тому, как быстро он распространился в Великобритании, «вполне вероятно, что то же самое произойдет и в США».

В своей лаборатории Гупта показал CNN «филогенетическое генеалогическое древо» - эквивалент ancestry.com для Covid-19. На этом дереве B.1.1.7 выглядит как троюродный брат, дважды удаленный от исходного коронавируса, впервые обнаруженного в Ухане, Китай. Генетическое различие составляет 23 мутации, но настоящая странность в том, что у B.1.1.7 так мало близких «родственников».

«Мы нашли очень мало - практически не было последовательностей, которые сильно связаны с вариантом B.1.1.7. Другими словами, он появился из ниоткуда», - сказал Гупта.

Ученые вряд ли когда-нибудь найдут «нулевого пациента» нового варианта, но у них есть теория.

В прошлом году Гупта изучал пациента с Covid-19 с ослабленной иммунной системой, который не мог избавиться от вируса более трех месяцев. Внутри тела, которое не могло сопротивляться, вирус успел мутировать гораздо быстрее, чем передавался от человека к человеку в популяции.

Гупта сравнил вирус своего пациента, который в конечном итоге умер, с базой данных секвенирования и обнаружил, что уже циркулирует вирус, который разделяет одну ключевую мутацию с его пациентом: B.1.1.7.

Вакцины от изменяющегося вируса

Предварительно опубликованные лабораторные исследования Гупты показывают, что вакцина Pfizer / BioNTech по-прежнему эффективна в борьбе с британским вариантом после одной дозы, хотя немного меньше в крови, взятой у пациентов старше 80 лет. Другие исследования различных вакцин показали похожие результаты. Но то же самое может быть не для всех вариантов.

Уже есть опасения по поводу снижения эффективности вакцины для южноафриканского варианта, что побудило производителей вакцин, таких как Pfizer и Moderna, начать работу над бустерными вакцинами, чтобы не отставать от меняющегося вируса.

Только на этой неделе Управление общественного здравоохранения Англии сообщило, что в небольшой выборке случаев B.1.1.7 из Великобритании была обнаружена новая мутация, также присутствующая в южноафриканском варианте. Ранние лабораторные исследования показывают, что так называемый «беглый мутант» может помочь вирусу уклоняться от антител, вырабатываемых вакцинами, что потенциально делает их менее эффективными.

Гупта считает, что беспокойство по поводу этих вариантов вполне заслужено. «Эти вирусы уже становятся более устойчивыми к иммунной системе и вакцинам», - сказал он.

Британский вариант, как и другие, имеет изменения в так называемом «спайковом белке», части вируса, которая помогает ему проникать в человеческую клетку. Ученые думают, что это может быть причиной того, что он более передается, чем более ранние штаммы, а также вызывает беспокойство по поводу вакцины, поскольку разработанные в настоящее время работают с использованием шипового белка.

Прежде чем вакцины можно будет адаптировать к изменяющемуся вирусу, необходимо секвенировать образцы. На Институт Сэнгера вместе с 16 небольшими британскими лабораториями приходится около половины всех мировых усилий по секвенированию. Многие страны вообще не имеют возможности секвенировать какие-либо образцы Covid-19.

«Мы говорим о варианте для Великобритании, варианте для Южной Африки и варианте для Бразилии - но ирония в том, что, вероятно, это страны, которые обладают развитыми возможностями секвенирования, и [варианты] вполне могли появиться в других местах, но мы просто не узнаем это. И могут быть другие, "сказал Вильяр.

Гупта и Харрисон считают, что, вероятно, уже существуют опасные варианты распространения вируса в странах, где ученые не смогут обнаружить новые варианты по мере их возникновения.

«Эти люди с ослабленным иммунитетом разбросаны по всему миру, - сказал Гупта. «Так что весьма вероятно, что существуют необнаруженные варианты».

Британское правительство объявило о планах расширить свою работу по секвенированию на страны, которые не могут делать это самостоятельно. Точные детали все еще уточняются.

«Он пытается найти те страны, которые не имеют возможности секвенировать сами себя, [или имеют] очень низкий потенциал, чтобы улучшить нашу глобальную осведомленность о мутациях, которые могут иметь абсолютно разрушительные последствия для общественного здравоохранения», - сказал Вильяр. «Очевидно, что это приносит невероятные выгоды во всем мире, но также защищает Великобританию от вариантов, которые могут подвергнуть опасности население и здесь».

Вильяр уверен, что Институт Сэнгера будет участвовать в этих усилиях и что британское правительство планирует «значительное увеличение возможностей как секвенирования, так и анализа», чтобы помочь в глобальной борьбе с Covid-19.

Харрисон точно не знает, в чем будет заключаться его роль и когда он вернется к своей старой работе. Год назад он изучал, почему люди колонизируются устойчивым к метициллину Staphylococcus aureus (MRSA) - опасным, устойчивым к антибиотикам штаммом бактерий - до того, как его направили в «Проект Heron».

Другие занимались секвенированием геномов человека, растений, паразитов или раковых клеток. Все это было отложено в связи с чем-то более срочным.

«Это был долгий год», - сказал он. «Но вы знаете, я думаю, что мы все очень гордимся тем, чего мы достигли с точки зрения программы геномики».

Написать комментарий
💬 Последние комментарии
Весёлый Роджер
Вот жешь гадина гэтот ЛЕНТЯЙ, луганский алкоголик-хлебороб, как писал про него Шмуля_Елен. Вин жешь ни мает жовто-блакитних шароварів та щенывмырло ни спивает, та зовсим сцука ни стрибает! Пидмоскалина клятый! Нычого, нычого – вот прийдэ до вас Бандера – усих выстроит по росту, та…. пид кулемёт «… ленту, за лентой швыдчее заряжай…». ША панове!!! Ось тут УВАГА! Хлавное!!! Щоб уси сепари були без зброи та со связанными руками!!! Иначе запизденские херои могуть не справиться! Ну як С.Семенченко побегнуть «у атаку» дупой вперёд! Ну всмысле –«… хлопцы тикаем до Хали, пока нам тут ..зды ни дали!» Бандера, Шухевич, херои Украины! Бандера, Шухевич, херои Украины! Бандера, Шухевич, херои Украины! Панду Гэть! Смерть творогам! Рагульему роду - нима переводу!
Весёлый Роджер
Ыщо одна клон-дура тут рассуждает про экономику! Ну лядь же Шмуля идиот, ну полный! А шо на экспорт панам пиндосам ны идэ? А ведь орали на майдане – …для нас уси рынки откроют, та безкоштовную торговлю. Опять ТУПЫХ завистников наЭбли? А тем временем у клятых, шо зъили ёжиков да сидят пид санкциями ….«Россия увеличивает экспорт мяса птицы в Китай. Впервые согласованы поставки субпродуктов индейки от российских производителей ... По экспертным оценкам, за 2019 год Россия в целом экспортировала около 200 тысяч тонн мяса птицы. Примерно 60 тысяч тонн из этого - в Китай.»
Зелепукин
По дороге в эвропу кормить никто не обещал)
Весёлый Роджер
Это верно про нациков! Вот например, нищебродному пропахандону нацику Шмуле_Елен, абсолютно по .ую как назвать коньяк, тому шо вин него последний раз него пробовал, так ыщо Мыкыта жив бул. А сейчас у него щирый фунфырик "Слеза Бандеры" та ванюча буряковка любимые напитки эуропейца. А чаму, а тому що вин пийшов до Эуропы, показать там голую *опу! Ось воно як!
А КАК У ВАС УКРЫ
ЛНР. Пенсионер. Оплата ЖКУ составляет одну седьмую часть моей пенсии. А как у вас, укры? Лучше вам жить стало после майдана?
ера
ну так...зачем производить?...если не потребляется...Елен вам всем ...мысЛю..."подбросила"...а вы нЕблагодарные..."клюете"...
Весёлый Роджер
А как вам такие объявления? "Импорт мяса индейки в Украину из России https://exportv.ru/wholesale/myaso-indeyki-v-ukrainu.html" А вот это як? "По итогам 2020 года производство индейки в России увеличилось на 20,7%, до 330 тысяч тонн.( Эй щиродупые - цэ у ТРИ!!! раза бильше, чем у свидомой "житнице"!) Кстати, благодаря индейке в целом птицеводческая отрасль не ушла в первый год коронакризиса в минус, как ожидали участники рынка." Итог? Бандера всё же прийшов до вас! Амерыка з вами! Сала пиндосам! Сала санкциям! Россия идёт вперёд семимильными шагами!